Зартан, все еще выдающий себя за президента Соединенных Штатов, обвиняет G.I.Joe
в краже ядерных боеголовок из Пакистана. Под предлогом очередной миссии всю команду
отправляют на отдаленный полигон, где они успешно выполняют задание и остаются там на ночевку.
Но ночью базу взрывают, обстреливая её ракетами с вертолётов. Почти все члены команды, включая Дьюка, погибают.
В живых остаются только трое: Роудблок, Флинт и Леди Джей. Между тем, Шторм Шэдоу и Файрфлай освобождают из
немецкой тюрьмы Командира Кобры. Во время операции Шторм Шэдоу получает травму и после отправляется в
гималайский храм, чтобы восстановиться. Узнав, что он жив, Слепой Мастер, лидер клана Арашикаги,
отправляет Снейк Айз и его ученицу Джинкс, двоюродную сестру Шторм Шэдоу, для захвата последнего,
чтобы он ответил за убийство своего учителя, Жестокого Мастера. Роудблок, Флинт и Леди Джей возвращаются
в Соединенные Штаты, где создают базу в полуразрушенном спортзале. Тем временем Зартан объявляет,
что Кобра заменит G.I.Joe в качестве основного защитного блока Америки, и Леди Джей замечает,
что кто-то выдает себя за президента и собирает улики. Роудблок приводит их к генералу Джозефу Колтону,
который предоставляет им оружие и помогает совершить операцию, во время которой Леди Джей крадет образец ДНК
«Президента» и с помощью этого бойцы отряда узнают, что он – Зартан. Они убегают после небольшой схватки с
Файрфлаем и Зандаром - главой президентской охраны и членом Кобры. Снейк Айз и Джинкс находят и захватывают
Шторм Шэдоу после боя с ниндзя и отвозят его обратно в Японию, где он доказывает. что не убивал своего
учителя и говорит, что Зартан на самом деле убил Жестокого Мастера, и он присоединился к Кобре, чтобы отомстить,
озлобленный, что клан не верит в его невиновность. Затем Шторм Шэдоу сопровождает Снейк Айз и Джинкс,
оказывая помощь G.I.Joe, чтобы остановить Кобру. Зартан приглашает мировых лидеров на саммит,
где шантажирует их с целью отключения их ядерных арсеналов, и провозглашает, что он создал проект «Zeus»:
теперь в его распоряжении семь орбитальных бомбардировочных кинетических машин массового уничтожения.
Он разрушает центральный район Лондона, чтобы доказать свое превосходство, и угрожает уничтожить другие столицы,
если все страны не подчинятся Кобре. Но Шторм Шэдоу рушит планы Командира Кобры и убивает Зартана.
В то время как Снейк Айз, Джинкс и Флинт противостоят бойцам Кобры. Командир Кобры активирует остальные
шесть оружий и поручает Файрфлаю защиту запущенных устройств, однако Файрфлай погибает в бою с Роудблоком,
который дезактивирует и разрушает орбитальное оружие. В это время Колтон и Леди Джей спасают настоящего президента.
Но все же Командиру Кобры удается сбежать во время боя, к тому же Шторм Шэдоу исчезает после того,
как отомстил за учителя. Президент объявляет в розыск Командира Кобры и восстанавливает отряд G.I.Joe
вместе с Роудблоком, Флинтом, Леди Джей, Снейк Айзом и Джинкс, и призывает большую часть солдат
присоединиться к ним. После всего произошедшего Роудблок клянется отомстить Командиру Кобры за смерть Дьюка.